Selon le Département de la conservation de l'environnement de l'État, la qualité de l'eau dans une grande partie du lac Cayuga est bonne et répond aux normes d'utilisation pour la consommation et les loisirs. L'exception, cependant, est l'extrémité sud peu profonde du lac.
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Il contient des charges de sédiments et de nutriments, y compris le phosphore, provenant de diverses sources qui entraînent la croissance de mauvaises herbes et d'algues. Le DEC a déclaré que les normes actuelles de qualité de l'eau pour l'utilisation de l'approvisionnement en eau du lac sont respectées, mais que cette utilisation est considérée comme menacée.
Le lac et le bassin hydrographique ont fait l'objet d'une surveillance et d'une étude continues par un certain nombre de groupes, dont le Finger Lakes Institute et le Community Science Institute.
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